Η άλωση της Κωνσταντινούπολης από τους Τούρκους και η κατάλυση του δεσποτάτου υπήρξαν αφετηρία για την προϊούσα παρακμή της πόλης, παρά τις ελάχιστες περιόδους ανάκαμψης. Ήδη από το 1395 τουρκική φρουρά αναφέρεται στη Μονεμβασία, σε μια προσωρινή κατάληψή της και το 1460 ο Μωάμεθ Β’ έφθασε στην Κόρινθο, προχώρησε προς τη Λακωνία, κατέλαβε τα φρούρια της Αχαΐας και της Ηλείας και τον Ιούλιο του 1461 παραδόθηκε το Σαλμενίκο, τελευταίο κάστρο του ελληνικού δεσποτάτου. Έτσι, εκτός από τις βενετικές κτήσεις της Πελοποννήσου και τη Μονεμβασία, που είχε παραχωρηθεί με σύμφωνη γνώμη του Θωμά Παλαιολόγου στον πάπα Πίο Β’, η τουρκική κατάκτηση της νευραλγικής αυτής για το Βυζάντιο περιοχής είχε ολοκληρωθεί. Στα τέλη του 1463 η Μονεμβασία περιήλθε στους Βενετούς, στους οποίους παρέμεινε ως το 1540, όταν με τη Βενετοτουρκική συνθήκη ειρήνης της 2ας Οκτωβρίου παραδόθηκε στους Τούρκους. Οι περισσότεροι κάτοικοί της τότε την εγκατέλειψαν και κατέφυγαν στα βενετοκρατούμενα νησιά, κυρίως στην Κέρκυρα και στην Κρήτη.
Η ανάκτηση της Πελοποννήσου από τους Βενετούς (1685-1715) είχε ως αποτέλεσμα και την επανεγκατάσταση κατοίκων στη Μονεμβασία, που ορίστηκε πρωτεύουσα του διαμερίσματος της Λακωνίας. Ο πληθυσμός της, όμως, που το 1700 είχε φθάσει στους 8.000 περίπου, μειώθηκε πάλι θεαματικά κατά τη δεύτερη τουρκοκρατία (1715-1821) και το λιμάνι της δεν παρουσίαζε πια καμιά σχεδόν κίνηση.
Κατά τα Ορλωφικά (1770) ο μητροπολίτης Μονεμβασίας Άνθιμος ο Λέσβιος όπλισε σώμα Μονεμβασιωτών και απέκλεισε τους Τούρκους στο φρούριο, όταν όμως οι πολιορκητές δέχθηκαν την επίθεση των Αλβανών διασκορπίστηκαν και πολλοί αιχμαλωτίστηκαν ή φονεύθηκαν.
Το φρούριο της Μονεμβασίας πολιορκήθηκε κατά την έναρξη της Ελληνικής Επανάστασης από ξηρά και θάλασσα και ύστερα από τετράμηνη πολιορκία παραδόθηκε στους Έλληνες στις 23 Ιουλίου 1821. Ακολούθησαν διαμάχες για την διανομή των λαφύρων και τη διοίκηση, οι οποίες οδήγησαν στην αναρχία. Το Μάρτιο του 1822 αποφασίστηκε από την προσωρινή διοίκησης της Ελλάδας η επισκευή του φρουρίου και η αποστολή φρουράς, αλλά χωρίς αποτέλεσμα, με αποτέλεσμα η κατάσταση στο φρούριο να χειροτερεύει. Στη συνέχεια το φρούριο και η επαρχία Μονεμβασιάς έπεσε θύμα του εμφυλίου πολέμου. Οι Μανιάτες με αρχηγό τον Κωνσταντίνο Μαυρομιχάλη άρχισαν να πολιορκούν το φρούριο τον Σεπτέμβριο του 1823. Μέχρι το Μάρτιο του 1824 τα μισά χωριά της επαρχίας είχαν περάσει στην κατοχή των Μανιατών, και ενώ συνέχιζαν να πολιορκούν το φρούριο, η κεντρική διοίκηση αποφάσισε να μεταφέρει 3-4 κανόνια από την Μονεμβασιά στις Σπέτσες. Επίσης, στο φρούριο κατέφτασαν Κρήτες και Ψαριανοί μετά την καταστροφή των Ψαρών, όμως η πολιορκία του φρουρίου συνεχίστηκε. Τον Ιανουάριο του 1827 έφτασε στο φρούριο ο Δημήτριος Πλαπούτας με 200 στρατιώτες και οι κάτοικοι και οι έφοροι της Μονεμβασιάς συμφώνησαν να παραδοθεί σε αυτόν η διοίκηση του κάστρου, ώστε να απελευθερωθεί το φρούριο, όπως και εγένετο με απόφαση της Εθνικής Συνέλευσης την 1η Μαρτίου 1827.[] Όμως, ο Μαυρομιχάλης συνέχισε να προσπαθεί να κατακτήσει το φρούριο, με αποτέλεσμα ο Πλαπούτας να αποχωρήσει, μη αποδεχόμενος αυτή τη συμπεριφορά, και τελικά ο Μαυρομιχάλης να τεθεί επικεφαλής του κάστρου. Οι συνεχείς αυτές έριδες απέτρεψαν τη Μονεμβασιά από τη δυνατότητα να μπορεί να παίξει σημαντικό ρόλο στις μετέπειτα εξελίξεις σχετικά με τη ίδρυση του ελληνικού κράτους και να μην καταφέρει να αποκτήσει την παλιά της αίγλη.
