Το Ανώτατο Συμβούλιο της ΕΘΑΑΕ εφάρμοσε για πρώτη φορά μια νέα διαδικασία αποτίμησης του έργου που παράγεται στα Ελληνικά Πανεπιστήμια και με βάση αυτά τα ευρήματα εισηγήθηκε, σύμφωνα με τον νόμο, στο Υπουργείο Παιδείας την κατανομή του 80% και του 20% της ετήσιας τακτικής χρηματοδότησης των ΑΕΙ. Η ΕΘΑΑΕ δημοσιοποίησε στον ιστότοπό της (www.ethaae.gr) τα δεδομένα που κατέγραψε και οδήγησαν στην εισήγησή της, πρώτον, για λόγους διαφάνειας και, δεύτερον και κυριότερον, γιατί αποτελούν μια καλή πρώτη βάση αναφοράς για την κατάσταση της ανώτατης εκπαίδευσης στην Ελλάδα. Προσεκτική μελέτη του συνόλου των στοιχείων, είτε σε εθνικό επίπεδο είτε σε επίπεδο ιδρύματος, μπορεί να οδηγήσει σε σειρά χρήσιμων συμπερασμάτων και να αποτελέσει ένα ακόμη εργαλείο στην διαμόρφωση στρατηγικής και σε διαδικασίες λήψης αποφάσεων.
Η ΕΘΑΑΕ δεν έχει την αποστολή να προβαίνει σε αξιολογική κατάταξη των ελληνικών Πανεπιστημίων και δεν έχει προτείνει τέτοια κατάταξη. Εφάρμοσε κριτήρια ποιότητας και επιτευγμάτων αποκλειστικά για τη μοριοδότηση των ιδρυμάτων. Μόνο μια ενότητα κριτηρίων (Α: Συνεχής βελτίωση βασικών ακαδημαϊκών δραστηριοτήτων) εφαρμόσθηκε σε όλα τα Πανεπιστήμια. Επομένως το αποτέλεσμα που προέκυψε από την εφαρμογή των κριτηρίων δεν αποτελεί αξιολογική κατάταξη και κακώς θεωρήθηκε τέτοια. Μια αξιολογική κατάταξη προϋποθέτει διαφορετικό σχεδιασμό και εφαρμογή των ίδιων κριτηρίων για όλα τα Ιδρύματα.
Στο πλαίσιο της αποστολής της, η ΕΘΑΑΕ θα συνεχίσει να συλλέγει, να αναλύει και να παρουσιάζει τα δεδομένα της τριτοβάθμιας εκπαίδευσης στη χώρα μας, συμβάλλοντας στην εθνική προσπάθεια για τη συνεχή αναβάθμιση των Πανεπιστημιακών Ιδρυμάτων.