Κατά τη διάρκεια της θητείας του στην Πρωθυπουργία διάφορες υποθέσεις απασχόλησαν τη Δικαιοσύνη, σε κάποιες εκ των οποίων ενεπλάκησαν στενοί συνεργάτες του.
Αναλυτές ανέφεραν ότι εξαιτίας των υποθέσεων αυτών υπέστη μεγάλη φθορά η δημόσια εικόνα του. Ανάμεσα σε αυτές μπορεί να αναφερθεί, η υπόθεση της Μονής Βατοπεδίου, η υπόθεση των δομημένων ομολόγων, η υπόθεση του Γενικού Γραμματέα του Υπουργείου Πολιτισμού Χρήστου Ζαχόπουλου, ο θάνατος του Διοικητή του ΙΚΑ Ι. Βαρθολομαίου, η απαγωγή Πακιστανών το καλοκαίρι του 2005,η υπόθεση των υποκλοπών και πολλά άλλα.
Έντονη κριτική δέχθηκαν οι Κυβερνήσεις του Κώστα Καραμανλή για τις μεγάλες πυρκαγιές του 2007 και του 2009 που έκαψαν μεγάλες δασικές εκτάσεις σε όλη τη χώρα και συνέπεσαν με τις προεκλογικές περιόδους εκείνων των χρόνων. Επιπλέον, έντονες αντιδράσεις και επεισόδια προκλήθηκαν μετά τη δολοφονία του Αλέξανδρου Γρηγορόπουλου από ειδικό φρουρό στα Εξάρχεια τον Δεκέμβριο του 2008.
Η δραπέτευση του 2009
Στις 8 Μαΐου του 2009, κηρύχθηκε αιφνιδιαστικά η λήξη των εργασιών της Β΄ Συνόδου της ΙΒ΄ Βουλευτικής Περιόδου. Η λήξη των εργασιών της Βουλής πραγματοποιήθηκε 30 ημέρες πριν τις Ευρωεκλογές του 2009 και σήμανε την επίσημη έναρξη της προεκλογικής περιόδου. Στον Κώστα Καραμανλή ασκήθηκε έντονη κριτική για το κλείσιμο της Βουλής, καθώς με την ενέργεια αυτή παρεγράφησαν όλες οι υποθέσεις που εκκρεμούσαν και αφορούσαν την πρώτη κυβερνητική θητεία της Νέας Δημοκρατίας.
Κατά τη διάρκεια της προεκλογικής περιόδου ο Κώστας Καραμανλής ουδέποτε είπε αλήθεια για τα ελλείμματα της χώρας και την οικονομική κρίση που μας χτυπούσε την πόρτα, αλλά ως κυβέρνηση φρόντιζαν να κρύβουν τα νούμερα.
Η επόμενη μέρα
Πολλοί αναρωτιούνται, κυρίως στη ΝΔ και στον ΣΥΡΙΖΑ, ποια θα είναι η επόμενη κίνηση του πρώην πρωθυπουργού.
Η επίσημη θέση είναι ότι αποχωρεί από την πολιτική. Πολλοί όμως πιστεύουν σε δύο σενάρια. Ή θα πάει για Πρόεδρος της Δημοκρατίας ή σε περίπτωση μη αυτοδυναμίας να παίξει ρόλο σε συνεργασία ΝΔ-ΣΥΡΙΖΑ. Άλλωστε η περίοδος ΣΥΡΙΖΑ (2015-2019) χαρακτηρίστηκε από τον έντονο Καραμανλισμό με την παρουσία Παυλόπουλου και Καμμένου.